秦朝在统一六国之后吸取了六国吏治腐败，中央政府无能最终导致灭国的教训，对整个国家的官制进行了根本性的改革。秦朝的整个官制系统都是围绕着高度中央集权的君主专制制度设立的。
其官员制度分为中央和地方两个部分，中央政府的官员主要划分为行政、军事、监察、宫职四大体系，地方官制在郡县制的基础上形成了行政、监察、军事三大体系。这种高度集权又层层划分的官僚体制，形成了由地方到中央，由中央到皇帝的“金字塔形”的官员体制。
相较于战国来说，秦朝官制最明显的改变是淘汰了过去贵族执政，统治者任人唯亲的官员选拔方式，建立了真正的封建官僚体制。
这一制度早在战国时期秦国就贯彻了下来，这也是战国时期六国才智之士纷纷逃往秦国的原因。人才的涌入壮大了当时秦国的力量，加快了秦国灭六国建立统一王朝步伐。
一、秦朝的中央官制
（一）皇帝制
随着周王朝的衰败，整个管理体制也变得十分混乱，战国时期各国的官制都各不相同，秦朝兼并天下之后建立了皇帝制度。“皇帝”一词是根据“上古史”中，按照德行的高低分为三皇五帝和三王的典故延伸出来的，嬴政及大臣认为“秦以德褒二代，故兼称之”。
在秦朝皇帝是整个政府机构的主宰，这和过去有很大的不同。春秋时期，诸侯下不得称“王”，否则就会被看作是僭越，到了战国时期，各诸侯国已经普遍称“王”。周王则称自己为“天子”，在这种情况下，周天子的权力有限，并不能真正控制朝政以及控制地方，而秦朝的皇帝制度中，皇帝是天下集权统治的唯一主宰，无论中央还是地方，都要以皇帝的命令为首。
在秦始皇看来，皇帝不仅是一种象征，更是一个职位，《秦始皇本纪》中有记载，公元前年，秦始皇与泰山“封禅”，在泰山上刻下了自己的功绩，其中有一句为“远近毕理，咸承圣志。贵贱分明，男女礼顺，慎遵职事”从这句可以看出他将皇帝看作是一个十分崇高的职业。
除此以外，他在南登琅琊山时，也立了石刻，歌颂秦德，表明要“长承圣志”。他并没有想将自己“神化”成过去“三皇五帝”那样。作为整个政治机构权力的顶尖，他在位时期，为政十分勤勉。
（二）“三公九卿”制
秦国疆域辽阔，皇帝一人之力远不能包揽四方，为了提高行政效率，保证行政质量，秦始皇建立皇帝制度的同时又建立了以皇帝为中心的“三公九卿”制。
在秦朝的政治机构中，丞相是整个中央朝廷中文官的首领，太尉主管军事是整个武官系统的首领，御史大夫独立于文武官系统之外，掌管监察。这种文臣、武将、监察三大政治系统并立的框架，除了在中央得以实行以外在地方也得到了推行，除了三个政治体系，皇宫中还有专门的宫廷服务系统来专门负责皇室贵族的“家务”，这种宫廷服务系统也被纳入了国家正式机关。
虽说丞相、太尉、御史大夫三职都属于秦朝的“宰府”，但是在中央集权体制下，太尉常常是一个虚闲，并被不赋予实际的权利，而御史大夫又比丞相低了一个极位，因此丞相是真正的官员之首。
战国时期就已经有了“相”，嬴政在还是秦王时就曾尊吕不韦为丞相，到了秦朝有了“丞相”这一职务名称。丞相有专门的府邸，也就是丞相府，
这并不只是丞相居住的地方，而是以丞相为首的一个行政机关，丞相府中的官员有长史、舍人、侍中等。
李斯在刚刚进入秦国时，就曾当过吕不韦的舍人。秦朝时期的丞相制度权力极其重大，丞相有权利命令朝内百官处理各种政务，即使不是丞相府的下属机构也要听命于丞相。
“九卿制度”也是在丞相以下设立的，九卿不只有九个，“九”是一个虚词，指的是很多，“九卿”代表的是很多机构分管中央行政部门的各官署。这些行政官署是由战国时期秦国的行政官署发展而来的，各官署又下设多个署官，比如说掌管宗室祭祀礼仪的奉常，其署官就有太史、太卜、太宰等。
太尉一词最早出现在《吕氏春秋》中，书中记载，“太尉，秦官，金印紫绶，掌武事”。嬴政曾将尉缭任命为秦国国尉。秦朝的地方政府也设有太尉，但是在秦朝的史籍中没有文献详细记载太尉职事。在战国时期，秦朝的历代战争大多是由丞相、将军等人领兵，并且这些领兵之人都是临时委派的，战争结束之后就会被立刻解除兵权，官复原职。
秦朝统一之后，对于重大国事的记载也很少有太尉的踪影。由此可见，秦朝时的太尉只是一个虚职而已，兵权还是被牢牢掌握在皇帝手中。
御史大夫这一官职是秦始皇对于政治体制的一个创新。一般来讲，这一职务都由皇帝关系亲密的大臣所担任，一开始的御史大夫主要职能是协助丞相处理政务，之后被委以管理国家图集档案的任务，后来才发展出监察的职能。在《通典》中有记载，秦朝时期的地方郡县也设立有监察使，由此可见秦朝时期形成了从中央到地方到完整的监察系统。
秦朝时期还设立了具有宫廷色彩的“侍从加官制度”。秦始皇时期，后宫妃嫔众多，各有封号等级，但因为缺少文献记载，如今已经不可详细考证，据现有的史料可知，秦始皇后宫中的官员有主管掖庭事物的詹士，主管对外事务的将行等诸多职务。在《宋书》中，将这些宫廷官员连通朝廷官员全部成为“秦官”。
二、秦朝的地方官制
秦始皇二十六年，正式将除了首都咸阳在内的土地划分为三十六郡，之后又陆续增加到四十余郡，咸阳作为首都由朝廷直接管理。除了郡县两级系统以外，还下设有基层政权系统，基层政权以乡、里、什、伍为组织，遍布各地。这种完善详细而又全面的政治网络，可以将皇帝的命令迅速普及到全国当中。
地方也设立了行政、军事、监察三大系统。郡县的最高行政长官是郡守、监御史，郡尉。这三者的政治地位平等，互不隶属。边疆地带的郡县长官大多为武将出身，内地多以文官担任。
秦朝时期郡守的权力非常大，除了由朝廷直接任免的县令、监察御史、郡尉以外其他官员由郡守自行任免。
监御史隶属于中央的御史中丞，主要负责监察地方郡县的郡守以及其他官员。郡尉掌管地方驻军以及地方治安，负责缉拿盗贼，由朝廷直接管理。
郡尉的署官称为“丞”由于所处地理位置不同，所处地的郡县大小不同，郡尉署官的设置也有不同。比如说在国家内部地区一般大小的郡设“丞”一人，大郡设“丞”两人。
总结：
秦朝的官员系统之间互相联系，互相渗透。他们各自负责的事务并不固定，可以相互活动。但是秦朝时期的一切官职都以皇帝的意志为首。秦朝的官员制度开辟了封建王朝官员制度的先河，为之后历朝历代的官员制度的建立奠定了基础。