在十六国时代，开府仪同三司的设置基本还是沿承西晋的设置，开府仪同三司作为单一职官授予，这种方式一直持续到北魏建立之初，如匈奴汉政权的刘聪在建国之初“署刘曜为车骑大将军、开府仪同三司、雍州牧”；前秦政权苻坚“以王猛为使持节、都督关东六州诸军事、车骑大将军、开府仪同三司”。北魏初期，北魏国家的官制，实行“胡汉杂糅”的做法，汉官系统和鲜卑官系统并置。
一、北朝开府仪同三司的发展沿革太武帝时，在汉官系统中，开府仪同三司的设置，依然沿袭西晋的规定，开府仪同三司和仪同三司不加区分。如《魏书·太武帝纪》载“李宝遣使朝贡，以宝为镇西大将军、开府仪同三司、沙州牧”；《魏书·文成帝纪》：“仪同三司、敦煌公李宝薨”。
这一记载也在墓志铭中得以证实，《魏故假节龙骧将军豫州刺史李简子墓志铭》：“亡祖宝，字怀素，仪同三司、燉煌宣公。”依此可见，在北魏前期，开府仪同三司的职官设置基本还是延续西晋的规定，开府仪同三司和仪同三司视为同一职官。
北魏太武帝以后，开府仪同三司的授予开始改变，开府和仪同三司可以分开授予，因而形成了开府仪同三司、仪同三司、开府三者并置的情况。在孝文帝官制改革后，制定的前、后《职员令》均记载有诸开府和仪同三司的设置和品阶，虽然没有开府仪同三司的设置具体记载，但在实际授予中，开府和仪同三司亦经常同时授予。
如《北齐书·魏兰根传》载“太昌初，除仪同三司，寻加开府，封巨鹿县侯，邑七百户。”开府仪同三司、仪同三司、开府三者并置的情况被之后的北朝政权所继承。《北齐书·清河王岳传》“时尔朱兆犹据并州，高祖将讨之，令岳留镇京师，迁骠骑大将军、仪同三司。天平二年，除侍中、六州军事都督，寻加开府。”《北齐书·徐远传》载“天统二年，授仪同三司、卫尉。四年，加开府、右光禄大夫。”
在西魏末年，随着府兵制的逐渐建立，开府仪同三司又与府兵制相结合，成为其中重要的职官组成部分。值得注意的是，在这一时期的职官授予形成了将军号与散官的“双授”，骠骑大将军和开府仪同三司，车骑大将军和仪同三司成为相对固定授官组合。
《周书·冯迁传》载：“孝闵帝践阼，入为晋公护府掾，加车骑大将军、仪同三司，进爵临高县公。寻迁护府司录，进授骠骑大将军、开府仪同三司。”北周武帝建德四年对之前的官品进行了调整，位于九命的开府仪同三司、仪同三司发展为上开府仪同大将军、开府仪同大将军、上仪同大将军、仪同大将军。
西魏北周时期的开府仪同三司随着府兵官号的滥授逐渐散秩化，“此后功臣位至柱国及大将军者众矣，咸是散秩，无所统御。六柱国十二大将军之后，有以位次嗣掌其事者，而德望素在诸公之下，不得预于此列。”又进一步发展为戎秩，成为相对独立的职官形式，《旧唐书·职官志》以北周戎秩为唐代勋官最早起源。王仲荦先生援引旧志对唐勋官形成前期内容的记载，将戎秩归于北周勋官类。
二、南、北朝开府仪同三司的设置区别无论是南朝将开府仪同三司作为单一职官，还是北朝时期开府仪同三司、仪同三司、开府三者同时授予，目的都是使被授予者能够获得与公级职官相同或相近的地位。但在实际的施行过程中，在职官和品阶设置、职官授予设置、僚佐设置等方面，南北政权还是呈现了一个各自的发展特点。
1.职官和品阶设置
从授官的设置来看，南朝政权基本沿续了西晋的规定，开府和仪同三司同时加授，开府仪同三司为单一职官，这种设置一直持续到南朝灭亡。然而北朝政权并未原封不动地沿袭西晋的做法，对此进行了一些调整，仪同三司与开府可以单独分开授予，但又可以将仪同三司与开府合置为开府仪同三司，实际上形成了三职官并置的情况。
在品阶方面来看，南朝政权无论是东晋还是宋齐梁陈时期，开府仪同三司基本上一直处于最高品阶职官体系中，在班位上仅次于诸公，如《晋书·职官志》所载：“诸公及开府位从公者，品秩第一”。《宋书·百官志》载“太傅，太保，太宰，太尉，司徒，司空，大司马，大将军，诸位从公，右第一品。”
北朝时在北魏孝文帝官制改革后，根据前、后《职员令》所记载，仪同三司与开府的品级相同，在实际合置的开府仪同三司也与仪同三司、开府的品级并没有太多差异，在品阶一般都低于诸公。在前《职员令》中，开府和仪同三司为一品下；而在后《职员令》中，则为从一品，“仪同三司，开国县公，都督中外诸军事，诸开府，散公，右从第一品。”北齐时，开府仪同三司为从一品，仪同三司为二品。
2.职官授予设置
无论是南朝还是北朝政权，开府仪同三司在授予上都是采取加官和赠官的形式，而且开府仪同三司这一职官本身并不能单独授予，需要和将军号、光禄大夫等其他职官一同授予。与南朝不同，北魏时，中书监一职也能加授开府仪同三司、仪同三司、开府，如《魏书·肃宗纪》载：“特进、汝南王悦为中书监、仪同三司。”
《魏书·胡国珍传》：“寻进位中书监、仪同三司，侍中如故。”不过，这种情况在实际授予中相对少见。在授予对象上，无论是南朝还是北朝政权，皇族、世家大族等都是开府仪同三司制度的主要授予对象，据张鹤泉先生对《魏书》、墓志铭记载相关资料的统计，在北魏时期，皇族被加授开府仪同三司、仪同三司、开府的有55人之多。
而且值得注意的是，除了世家大族、外戚之外，北魏国家对地位显赫的宦官，也可以加授开府仪同三司、仪同三司、开府，如宦官刘腾“迁卫将军、仪同三司，余官仍旧”，此外，宦官赵黑、封津亦有被授予仪同三司的记载。
此外，由于北朝的开府和仪同三司可以分开授予，在授官过程中出现了仪同三司与开府的转授现象，《魏书·肃宗纪》：“以骠骑大将军、开府、齐王宝夤为仪同三司。”《魏书·前废帝纪》：“以使持节、骠骑大将军、开府尔朱弼为仪同三司。”又如穆绍“乃授侍中、车骑大将军、仪同三司。未几，复以本号开府，为定州刺史。”由此可见，仪同三司和开府能够相互替代，二者的转授没有条件限制。
3.僚佐设置
在两晋南朝时期，开府仪同三司的被授予者可以拥有和三公一样的僚佐规模和职官设置，并且僚佐的品阶也与公府僚佐相同。但在北朝时期，由于开府和仪同三司经常分开授予，虽然加授了仪同三司和开府的职官都可以获得相同的品级，但仪同三司一般不享有开府辟召的权利，因而实际加授上，两官经常结合在一起授予，同时获得仪同三司者仪礼待遇的优待，也能获得加授开府设置僚佐的特权。
与南朝相比，北朝开府仪同三司的品阶基本上都在三公之下，因而在僚佐设置上低于三公规定，在北魏前《职员令》中记载诸开府僚佐的品阶，其中诸开府长史为四品上、诸开府司马为四品中，但同时期的公府长史为三品上，公府司马为三品中，其他开府僚佐品阶亦低于公府僚佐。
又如《隋书》载北齐官制，“三公下次有仪同三司。加开府者，亦置长史已下官属，而减记室、仓、城局、田、水、铠、士等七曹，各一人。其品亦每官下三府一阶”，与三公相比，北齐时开府仪同三司在僚佐数量上与三公相比有所删减，僚佐品阶上也低一阶。由此可见，依此可见不论在僚佐的规模数量，还是在僚佐的品阶上，北朝时期的开府仪同三司均低于三公，这也是南北政权开府仪同三司僚佐设置的不同所在。
总结开府仪同三司源于汉魏的开府和仪同三司制度，在东汉末年，政局动荡，随着地方军阀的兴起，皇权衰落，武将操控朝政。就汉魏将军而言，其职官本身就可以设置僚佐，建立幕府，而在加了“开府”一名衔之后，他们就可以如同三公一样开府置佐，这样不仅将军幕府规模可以比拟三公，而且其僚佐设置亦可与三公相同。开府由于其职官的特殊性，因而统治者在授予往往尤为谨慎，这一点在曹魏时期尤为突出，在曹魏时期，除辅政大臣外，能够加授开府的官员寥寥无几。