南朝军队主要由水、步、骑等兵种组成。南朝的地理环境特点，是江河湖泊星罗棋布，水运便利。而且与北朝对峙，先后以黄河、淮水、长江为守，因而南朝的水军比较发达，是军队中的主要兵种。
南朝各代出兵，或以舟师为主,或必辅以舟师。如刘宋元嘉末，北魏南进，宋文帝令太子刘劭总统水军，其时“阵舰列营，周亘江畔，自采石至于暨阳，六、七百里，船舰盖江，旗甲星烛”。孝武帝时，南郡王刘义宣起兵反叛，“率众十万发自江津，袖胪数百里”。
梁代侯景作乱，荆州水师在长江中游大破侯景水军，侯景因而诫嘱部下：指荆州军善水战，不可与争锋。荆州水师的这次胜利，对平定侯景之乱起了重要作用。陈武帝陈霸先亦以水师起事，进讨侯景时，有甲士三万人，强弩五千张，舟舰二千乘。陈永定二年，陈武帝命临川王陈舊带兵西讨，“以舟师五万发自京师”。
南朝水师的装备，比前代有很大发展，战船的种类大增，战船所配攻具比以前有了进步。当时水师战船的种类见于史籍记载的，有平虏、金翅、青龙等大型战舰;又有蒙冲、斗舰等小型战船，还有拍舰、火舫、水车等多种专用战船。大型战舰一般建有重楼,因此又统称为楼船。
楼船上一般建楼三重，高达十余丈，有时更建楼四重，高二十丈。船上四周设列防护女墙，上开有弩窗矛穴，并在甲板上设置抛车,可以抛射垒石，从远处进攻敌船。由于楼船既可远攻，又可近战，颇具威力。前边提到的平虏、青龙等舰大体都是楼船。蒙冲、斗舰等小型战船专门用来冲锋陷阵。
如蒙冲战船以生牛皮蒙体，不畏矢石，船仓开设掣棹孔，划船水手皆在舱内，左右前后皆有弩窗矛穴，敌人不能近。由于此船防卫性能极好，又船体窄小轻巧,行进疾速,专门用来冲锋，在敌人猝不及防时，快速冲破敌阵。斗舰上设有多重防护女墙，专门用来与敌舰正面冲杀。
此外，当时小型战舰还有多种，名称各异，有的性能极好。南朝时期，尤其在梁陈之际，’岀现了多种专用船只，如拍舰，实即炮舰，这后面还要提到。另外，火舫、水车等船，从其名称看，大概是用于火攻和其他用途的战船。
南朝水师的武器装备也比前代有了进步，像矛、弩等兵器都在战船上得到广泛的使用，但其最主要的新型武器是南朝史籍讲水战时，常有“发拍中于贼舰”的记载。“拍”是一种什么样的武器呢？
陈初，侯安都征叛将留异，“引船入堰，起楼舰与异城等，放拍碎其楼雉”。又陈平定华皎之乱时，“官军以大舰拍之，贼舰皆碎，没于中流”。陈将淳于量、吴明彻平华皎之乱时，“募军中小舰，多赏金银，令先出当贼大舰，受其拍。
贼舰发拍皆尽，然后官军以大舰拍之,这些说明，拍虽威力很大，但不能长时间使用，一旦发拍皆尽，就不能使用了。而且拍发出后，可能击中敌舰，也可能击不中。综上即述，南朝水军所使用的“拍气乃是一种置于大型战舰之上，可以连续击发出去，并经一段时间可能用尽的威力很大的重型武器。
关于拍的具体形制，杜佑在《通典兵典》中记楼船云：“置抛车垒石铁汁”。在抛车条又说，抛车是利用杠杆原理抛射石块的一种远程投射兵器，其威力很大。三国时期，曹操与袁绍交战时曾建造抛车，因其发射石块之声甚巨，又名“霹雷车气而抛车的性能与特点和拍很相近,因而拍可能即是杜佑所云楼船所配备的抛车。
杜佑一并提到的垒石、铁汁，显然即拍所用的攻具。其实，当时的史籍有时将拍车写成抛车。南朝的拍，可能是从晋时水师所用桔樺原理的抛石机发展而来。需要指出的是，抛车是因将抛石机置于木床架之上，下有四轮可以行走，故曰“抛车七而战船上的“拍”，应是将与抛石机性能相近的装置固定在甲板之上，因而拍实即抛石机一类的战斗机械武器。
前边提到的拍舰，则可能是于舰上大量设置抛石机，从远处轰击敌舰的专用战船。古代抛石机又称炮，所以“拍”也称“炮气如《陈书黄法耗传》说“施拍加其楼堞"，而《南史》同传则称“炮加其楼堞气因而拍舰又可以称为炮舰。
南朝各类大小型战舰的增加，其性能的改进，加之“拍”这种新型武器及矛、弩等兵器在战舰上的广泛使用,不仅加强了水军的战斗力，而且使南朝水军在我国水军发展史上占有重要地位。步兵也是南朝军队中的主要兵种。南朝各代宿卫戍边、攻伐征战，都离不开步兵。有时水军弃舟登岸，即成步兵。因此，步兵在南朝军队中仍然占有极其重要的地位。
骑兵因其速度快，冲击力强，在古代战争中战斗力最强，骑兵也是南朝军队的兵种之一，但因地理环境特点和马匹资源缺乏，南朝的骑兵远不如水、步二军发达。南朝各代出兵征战，常以骑兵配合步兵，如刘宋元嘉七年，宋文帝就曾命骁骑将军段宏率精骑八千，配合右将军到彦之北伐。齐、梁、陈也常以步骑配合岀战。
南朝各代讲武训练，均有骑兵参加。齐武帝“数讲武，常令周盘龙领马军”。但从总体上看，南朝骑兵不够强大。因为南朝境内大部分地区不产马匹，虽然各代统治者采用各种办法尽力搜集马匹，但南朝马匹资源始终十分贫乏。
像素称兵马重镇的雍州，在梁武帝萧衍起兵时，仅集得马千余匹。宋桂阳王刘休范在江州刺史任内起兵作乱时，有兵2万人，却仅有骑五百匹。宋荆州剌史沈攸之在荆州经营多年，有战士10万人,而马匹也只有,这是南朝强藩拥有骑兵的最高数字。
结语南朝中军骑兵从几次岀兵情况看，似也不过万人上下。因此，南朝的骑兵既远不如自己的水、步二军发达，更无法与拥有数十万骑兵的北魏相比。当时人在论及南北军事形势时，曾有“马步不敌，为日已久"的说法。说明南朝军队在脱离了适宜水军的南方环境后,便以步兵为主，而骑兵在南朝军队中不占主要地位。