南北朝时期政权动荡不安，南北军事冲突频繁，皇权更如江中扁舟，稍有不慎便遭覆灭，使得那些夺取政权不久的统治者比以往任何一代帝王都更加关心和注意皇位和政权的稳定。因此这一时期史官编撰史书时一个重要任务就是构建和强化本朝政权的合法性，论述王朝更替的合理性，正统意识在史书编纂中就显得更加突出。
正统观的构建南朝时期史官们编写史书时在处理在这个问题上主要采用了两种手段，第一是神化君主，强调君权神授观念；第二个是宣扬天命符瑞，阐述皇朝更迭是顺天应人的理由。南朝史官们一方面要为自己皇朝争取合法地位，一方面又要为每个皇位继承者找到天命所归的依据。
南朝时期史书编写只要提及到改朝换代的时候，史官们都要用很大的篇幅去表明新任统治者有异于常人之处，因此南朝时期的史官们所编写的历史撰述都大多存在着宣扬天命的倾向。
不过南朝时期编写的史书虽然众多，但是当今见于世的却很少，因此只能从沈阳所著《宋书》与萧子显所著的《南齐书》书中，一窥正统观念是如何影响南朝史官们编写史书的。
沈约在《宋书·武帝本纪下》中认为：“汉氏载祀四百，比祚隆周，虽复四海横溃，而民系刘氏，慊慊黔首，未有迁奉之心。”
显然沈约是在说汉朝虽亡，但其王脉未断，刘宋代晋而立，是承继刘汉之气运，是顺乎天而应于人。而皇朝兴替只不过是政治斗争和军事成败的结果，是历史大势所推动的结果，和气运有何关系，沈约如此说，只不过是为刘宋代晋寻找历史依据而已。
萧子显在《南齐书·高帝纪》说萧道成出生时“姿表英异，龙颡钟声，鳞文遍体”。在后论中又说“于皇太祖，有命于天”。又说梁武帝萧衍出生之夜，陈孝后、刘昭后同梦龙居屋上。
凡是涉及南朝开国之君的史书篇目，史家在史书编撰过程中都注入了神秘元素。这些统治者一旦被史家奉上神坛，那么他们的权力，他们的皇位，甚至他们的所作所为就自然而然地合理化和合法化了。
同时南朝时期史书编撰中“志”有一个值得注意的变化，即《宋书》新设《符瑞志》，《南齐书》立《祥瑞志》，志的名称虽然有异，但其内容差不多，都是通过载述祥瑞，论说其帝王得国以正。
齐明帝永明五年，沈约奉命续成《宋书》。萧齐的政权是从刘宋那里强取豪夺来的，作为萧齐统治者的萧道成一方面需要为齐代宋作掩饰，一方面又害怕人们也存有彼可取而代之的非分思想。
因此，宣扬天命不可违便成为《宋书》的一个重要任务。《宋书》诸志比较全面、详细，但是我们可以看到《宋书》诸志，没有食货志、艺文志、刑法志，但除了天文志、五行志外，新设立了符瑞志。
用王者受命或君权神授的方法把统治者推上神坛，同时也要宣扬皇朝功业，强化皇朝的统治权利，主要是通过两种史书写作方式，一是直接记述皇朝功业，从正面宣扬本朝的丰功伟绩；一是为大力宣传之前王朝所犯下的错误和造成的罪孽，从反面映衬本朝取代前朝是大功一件。
沈约表明他撰《宋书》的目的有三：一是证明君权神授；二是彪炳帝王功业，垂训后世；三是昭示善恶，式规万叶，作鉴于后。
秉笔直书与皇权干预显然沈约就是认为以往宋史之作“事属当时，多非实录”，所以才“制成新史”。这说明历史撰述是否能够实录，是否真正做到实录，是沈约评价前代史书的一个重要标准。后人对《宋书》也多有批评，刘知几揭示出《宋书》出于政治立场或压力，回护掩饰之处甚至多。这说明沈约以前史多非实录而更造新史，实际并没有真正做到直书实录。
其实沈约自己心里是明白的，也是感到愧疚，所以他在《自序》中不无愧疚地说“臣远愧南、董，近谢迁固”。这虽然是沈约的谦词，但沈约能够自疚自贬，这也体现出其心中直书的理想与现实撰述中的矛盾，充分表明现实政治对历史撰述的深刻影响。因为任何史家，任何历史撰述都是与社会现实密切关联着的，不可能有处于社会“真空”的史家和历史撰述。
宋文帝看过裴松之的《三国志注》后说“此为不朽矣”，在宋文帝眼里，《三国志注》之所以不朽，裴松之对《三国志》的拾遗补阙，纠错勘误恐怕是其中一个重要原因。
南朝梁天监中，吴均奏上《齐春秋》，梁武帝对一部历史撰述看出其中的差谬，派专人进行考察，最后以其书不实，焚其书，罢其官。当然，焚书是不对的，但因其书不实而遭焚，在一定意义上说，这是对史书不直的一种惩罚，但是从一定方面反映了皇权对史书编写的干预，是否符合曲直完全取决于皇帝的想法。
从总体上说，沈约的《宋书》是一部经得起历史检验的史学著作。但是，刘知几也曾批评“是以隐侯《宋书》多妄，萧武知而勿尤”。《宋书》原来如实记载宋明帝的一些鄙渎事。但梁武帝看过后，认为自己曾经臣事明帝，暴明帝之恶.对他来说也是不光彩的。所以，梁武帝要求沈约“思讳恶之义”。
在梁武帝要求下，沈约对原稿中有关宋明帝的内容进行删改，宋明帝的一些“鄙渎事”遂不见记载于《宋书》。沈约删改宋明帝的一些鄙读事，这无疑是一种扭曲事实的行为。显然，这种情况正是梁武帝出于个人的声誉考虑对沈约提出的不合理要求和干预的结果，沈约撰《宋书》是希旨而行，那么统治者的思想和意志自然就通过沈约之笔贯彻于《宋书》之中。
沈约尚且如此，那么那些奉诏撰修史书的史官们，又如何能够例外呢？
史书编撰与门阀制度南朝是门阀地主占主导地位的历史时期，受此影响，史官在编写史书的过程中难免受到其时代背景与阶级背景的影响，其在史书撰述表现出一些鲜明特色，其中之一就是人物列传不以皇朝政权的更替为断限，而以一个家族盛衰为主，并逐渐成为世家大族记录的撰述倾向。
在“士大夫非天子所命”的南朝时期，门阀士族的权利不是皇帝授予的，门阀士族的权力来自于他们家族的世代传承。对于门阀士族来说，传统的君臣之节，一家一姓的皇朝兴亡并没有多少实在意义，而更具有实际意义的是家族的传统。
在当时，“思显父母”，“贻厥后来”无疑是宣传和维护家族传统的最好形式和方法，也是维护门阀土族仕宦婚姻，保持其社会地位最重要的手段。门阀士族的这种要求在史官制度上的一个突出反映，首先就是史官们大多是由世家子弟出身，体现在其编撰的史书上就是所撰内容有沦为世家门阀家族史的倾向。
这种倾向体现最明显的就是沈约所撰的《宋书》最后一卷中有长达两千余字的家族自述内容。在这篇《自序》里，沈约用大量的篇幅记载了其家族的传承，从上古以来的共二十九代家世都详细记载其中，重点论述了其祖上的伟岸事迹与家族沿革，而沈约对自己撰述《宋书》的旨趣则只占用了较少的篇幅。
史书编撰内容发生这一变化，很鲜明反映出门阀制度对于史官制度在实际运行过程当中的影响。如果说皇权对于史官制度的影响是显性的，皇帝可以粗暴的干涉史官制度的运行，皇帝能够通过决定史官的选拔任命，或干涉史书的编撰过程，亦或通过审阅史书来决定编撰工作的好坏，对史官制度施加显而易见的压力。
那么门阀制度则是润物细无声般影响史官制度的运行，世家门阀的雄厚的经济基础、悠久的文化传承、优秀私学教育决定了其子弟出任史官的优势，史官作为一项专业性很强的工作，需要一定的文化素养以及经济基础，非世家子弟很难满足这些条件，皇帝选拔史官看似随心所欲，但是决定史官候选名单的却是世家门阀。