在公元年之后，中国进入了一段大分裂时代，南北方大地上都上演着不同的混乱时代，北方五胡外族纷纷建国，征战不休，南方尽管有东晋有了百年的相对平稳，东晋灭亡后也陷入了动荡，中国进入了一个南北对峙的时代——南北朝。
南方，原来东晋最强的军队北府兵的将领刘裕通过多次北伐，掌握了东晋的兵权，并收获了极高的声望，最终灭亡了东晋，建立南朝宋，也开启南北朝的时代。宋武帝出身军旅，为人节俭，一时很受百姓爱戴，但是宋武帝在朝堂上重用寒门，地方上重用宗室掌握兵权，结果导致皇帝和宗室之间常发生矛盾。宋武帝死后，南宋又因为北伐失利，实力大损，尽管有过宋文帝的元嘉之治，最终在废帝刘昱时期，权臣萧道成独揽朝政，最终篡位，建立了南齐，开启了南朝第二个时期。
南齐是南朝重存在时间最短的朝代，但是皇帝换的非常勤快，萧道成之后由太孙萧昭业即位，但萧昭业荒淫无度，不久就被废，由齐明帝继位，齐明帝之后的皇帝都很残暴嗜杀，导致皇帝和宗室以及地方关系紧张，多次反叛，最终在萧衍起兵后杀入建康，推翻了南齐，建立了大梁。
梁武帝即位初期，政治相对宽容，南朝发展较快，很快超过了北魏，但是梁武帝多次北伐均没有很大收获，后期也逐渐昏庸，甚至被侯景背叛后包围，最终被囚禁后饿死。后来南梁陷入混乱，又有北朝的插手，最终陈霸先拥立了梁敬帝，陆续击败北齐及徐嗣徽的势力后，把持了朝政，最后于年篡位，建立了南陈。
南陈建立之后，南方由于多年的战乱，已经破烂不堪，南陈于是采取了与民休息，安抚地方的政策。此时北方的北齐逐渐衰弱，当时的陈宣帝本可以北伐，但由于其相对保守，只想做守成之君。而后北周消灭了北齐后，大败南陈军队，若非北周武帝突然去世，可能已经被统一，但之后杨坚建立了隋朝之后，陈后主即位，无心国政，最终被隋朝灭亡，南朝也就此灭亡。