开府仪同三司作为两晋南北朝的重要的高阶职官，职官本身具有授官的无定员性和范围的广泛性，对两晋南北朝职官制度的发展亦产生重要的影响。由于相关制度史料的散乱和错讹，以及学界对这一时期开府仪同三司制度研究的薄弱，因而亦有许多问题值得进一步探讨。
首先，西晋灭亡后南北政权形成了一个分裂对立的局面，南、北朝职官制度呈现了一个各自的发展变化，那么北朝时期的开府仪同三司制度发展沿革如何？其次，在两晋南朝时期，由于将军号本身即可以设置僚佐，建立幕府，那么，两晋南朝时期“开府”一词是否可以应用于普通军府置佐，将军号开府仪同三司与普通将军幕府二者又有什么不同？
一、将军开府与普通军府辨析军府又称将军幕府，在两晋南朝时，部分将军号可以设置幕府，其幕府僚佐可以协助府主处理各种事务。两晋南朝的军府沿承汉魏的将军幕府，汉末以后，政局动荡，干戈扰攘，将军号授予数量也开始泛滥，且由于军事需要，原本多为临时设置的杂号将军也开始成为常设的职位，军阶与军职分化，以致将军号逐渐变成被授予者所拥有的可以用来标示其身份地位的位阶。而将军号本身即具有设置僚佐的权力，因而将军号的普授也就可以视为是置佐权的的一种普授。
这一时期军府一词也多在史书中也多次出现，如西晋时傅咸曾上书晋武帝称地方州郡军府滥设，“空校牙门，无益宿卫，而虚立军府，动有百数”；又如东晋时阮孚任琅邪王司马裒车骑将军府长史，“琅邪王裒为车骑将军，镇广陵，高选纲佐，以孚为长史。帝谓曰：卿既统军府，郊垒多事，宜节饮也。”
对此，严耕望先生指出：“魏晋以降，干戈日寻，地方大吏多加戎号，吏员因之亦有增置；始则中央遣员参其军事，既则开府置佐，有长史、司马、诸曹参军，比于将相，是谓军府。”按严耕望先生所言，戎号开府置佐为军府，按此，军府建立的标志应为“开府置佐”。
将军开府，即以将军号加授开府仪同三司，在两晋南朝时期，将军开府指可以如同三公一样开府置佐，就此而言，将军开府与军府开府置佐二者所言“开府”不同。
对于开府的定义，有学者指出“开府”有广义与狭义之分，广义上开府是指享有设置幕府资格的官员，如三公、诸王、将军、宁蛮校尉等的置署办公活动，军府即为广义开府置佐的一种。狭义上指开府仪同三司，所加者可以比照三公府来设置幕府，意味着开府置佐权力的进一步扩大。
按此说法，军府所谓开府置佐应为开军府，但值得注意的是，在两晋南朝时期，“开府”一词是作为开府仪同三司的特定官称出现的，那么这一时期，军府在开府置佐时是否可以称“开府”，在这里仍值得加以探讨。
在两晋南朝史书记载中，将军号设置幕府时一般称“置府”、“置佐史”等，军府虽然可以置佐但不称“开府”。如《南齐书·百官志》载，“凡诸将军加‘大’字，位从公。开府仪同如公……其未及开府，则置府亦有佐史，其数有减。小府无长流，置禁防参军。”在此记载中，开府特指将军号开府仪同三司，军府称之为“置府”和“小府”。
又如在《宋书·百官志》载“小号将军为大郡边守置佐吏者，又置长史，余则同也。”《隋书·百官志》载梁陈皇子军府“其亲王起家则为侍中。若加将军，方得有佐史，无将军则无府，止有国官”，综上可见，在两晋南朝时期的职官史料中，在将军号设置僚佐时对于是否开府是有明确的名称界限。
这一点亦体现在帝纪、个人传记等史料中，如《南齐书·萧坦之传》中载：“东昏立，（萧坦之）为侍中、领军将军。永元元年，遭母丧，起复职，加右将军，置府……和帝中兴元年，追赠坦之中军将军、开府仪同三司。”又如《宋书·顺帝纪》载：“（泰始）七年，（顺帝）封安成王，食邑三千户。仍拜抚军将军，置佐史……（元徽）四年，又进号骠骑大将军、开府仪同三司，班剑三十人，都督、刺史如故。”
此外，就名称而言，在未加授开府仪同三司前，将军号设置幕府时不称“开府”，如《晋书·职官志》载“骠骑已下及诸大将军不开府非持节都督者，品秩第二，其禄与特进同……四征镇安平加大将军不开府、持节都督者，品秩第二，置参佐吏卒，幕府兵骑如常都督制，唯朝会禄赐从二品将军之例。”
由此可见，两晋时骠骑、车骑以及诸大将军在未加授开府仪同三司时虽可以设置幕府，但府主明确称为“不开府”。在广义上来看，军府虽然可以称“开军府”或“开府置佐”，但在两晋南朝时期，“开府”作为开府仪同三司的特定官称，将军号在开设幕府时不称“开府”，因而在论述相关问题时需加以区分和具体说明。
二、将军开府与普通军府的设置区别1.将军开府与军府僚佐设置区别
在僚佐设置上，军府与将军开府仪同三司亦有差别，这种差别主要体现在幕府僚佐的设置、授官品阶等方面。由于军府府主的将军号有重轻、大小之分，因而其僚佐设置也有品阶高低、数量多寡之别。
在两晋时，由于职官设置的不同，将军开府僚佐和军府僚佐在设置和规模上亦有相应的差异。在职官设置上属官增加，职能也更加细化，直属官“上佐”方面，将军开府后增加从事中郎二人，“秩比千石”，与长史、司马相同。
在阁下诸官方面，将军开府后，增加有舍人、记室督、西东阁祭酒、御属阁下令史、阁下记室书令史、记室省事令史、门令史等文职属官，也体现了开府仪同三司本身所具有的的公府职官权利。
在幕府僚佐规模上，军府设有长史、司马、主簿、功曹、门下都督，营军、刺奸吏、帐下都督以及录事、兵铠士贼曹各1人。将军开府以后，则置有长史、司马各1人，从事中郎2人；西东阁祭酒、西东曹掾以及户仓贼曹令史属各1人；此外还设有御属阁下令史、门令史、记室省令史、阁下记室书令史、西东曹仓户贼曹令史、西东曹学事各1人，主簿、记室督各1人；舍人4人；刺奸、营军、外都督、帐下都督，兵、铠、士诸曹以及令史各1人。为持节都督者，又增置参军6人。
可见在将军号加授开府仪同三司，无论在职官设置和规模上均有很大的增强，在幕府职能上也更加全面。
南朝时期，军府在沿承两晋时期继续发展，与将军开府相比，在僚佐数量和规模上有所缩减。如《宋书·百官志》载“自车骑以下为刺史又都督及仪同三司者，置官如领兵；但云都督不仪同三司者，不置从事中郎，置功曹一人……功曹参军一人……监以下不置谘议、记室，余则同矣。宋太宗已来，皇子、皇弟虽非都督，亦置记室参军。小号将军为大郡边守置佐吏者，又置长史，余则同也。”又如《南齐书·百官志》所载“其未及开府，则置府亦有佐史，其数有减。小府无长流，置禁防参军。”
2.将军开府与军府加授条件区别
在府主的加授品阶上，将军开府与军府亦有不同，将军号加授开府仪同三司时后其品阶为官品一品，基本上一直属于职官体系中最高品阶，在班位上仅次于诸公，值得注意的是，将军开府不受将军号本身品阶的影响，无论是二品将军还是三品将军，加授开府仪同三司后均为官品一品。
军府的品阶视将军号的品阶大小而定，但和将军号加授开府仪同三司相同，军府在府主的加授品阶亦有相关的品级限定。在《晋书·职官志》记载了三品将军幕府设置，三品以下并未记载，若按此，晋代军府最低品级似乎应为三品，但在史书中有三品以下军府的记载，如《晋书·王彬传》载，“彬字世儒。少称雅正，弱冠，不就州郡之命。光禄大夫傅祗辟为掾。后与兄暠俱渡江，为扬州刺史刘机建武长史。”
《晋书·陆纳传》载“（陆纳）初辟镇军大将军、武陵王掾，州举秀才。太原王述雅敬重之，引为建威长史。”建武将军、建威将军晋官品为四品，显然晋时三品以下将军亦可设军府。宋齐时亦有三品以下将军置佐的例子，如《宋书·谢瞻传》载“刘弟柳为吴郡，将姊俱行，瞻不能违，解职随从，为柳建威长史。”
《南齐书·刘善明传》“以乘民为宁朔将军、冀州刺史，善明为宁朔长史、北海太守，除尚书金部郎。”三品以下军府多为小号军府，《宋书·百官志》载“小号将军为大郡边守置佐吏者，又置长史，余则同也”，《南齐书·百官志》载“凡诸小号，亦有置府者”，关于小号将军，钱大昕认为“冠军以下，皆小号将军也。若出镇方州，则亦开府置官属，罢镇则止。”
总结按此，小号军府多为刺史和大郡郡守所设，两晋宋齐设有“州刺史领兵”之职，在晋宋官品中官品为四品，大郡郡守所授将军号多为三品、四品，因而，两晋宋齐时，军府府主将军号应为四品以上。梁陈以后，戎班与朝班分离，将军号逐渐失去了原来的实权，更多是作为优崇特权的职官存在。这一时期，军府僚佐的设置和品阶上，更多受到府主的身份的影响。